離子色譜儀的工作過程是：輸液泵將流動相以穩定的流速(或壓力)輸送分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流檢測器，抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器，在抑制器中，流動相的背景電導被降低，然后將流出物導入電導檢測池，檢測到的信號送數據系統記錄、處理或保存。

　　1 普通的樣品，如飲用水、地表水、降水等，進樣前需用0.45μm以下孔徑的微孔水系濾膜過濾，而離子濃度過高或含有機物、過濾金屬或重金屬濃度較高的樣品，如江水、海水、污水或電子五金企業的樣品等，進樣前需經過其它殊的前處理方可進樣。  

　　2 離子色譜所有管路和接頭均為耐酸堿的PEEK材料，安裝或更換時僅需用手擰緊即可，切忌用扳手擰得過緊，導致管路變形或堵塞。  

　　3 離子色譜所用的樣品瓶、容量瓶等容器的清洗，盡量不要使用洗潔劑和洗液，只需灌滿超水超聲半小時并浸泡24小時以上再洗凈晾干即可。切忌超聲時間過長，導致發熱膨脹。  

　　4 色譜柱長時間不用，應用淋洗液沖洗約20分鐘后，從儀器上拆開來并用堵頭堵死密封保存，以免其中的液體揮發導致損壞。