1、應用領域不同

  液相色譜儀只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此，不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大（大于400以上）的有機物（些物質幾乎占有機物總數的75%-80%）原則上都可應用高效液相色譜法來進行分離、分析。

  氣相色譜儀分離能力好、靈敏度高、分析速度快、操作方便等。受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析，一般對500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。

  2、構造不同

  液相色譜儀主要有進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統組成。

  氣相色譜儀由載氣源、進樣部分、色譜柱、柱溫箱、檢測器和數據處理系統組成。進樣部分、色譜柱和檢測器的溫度均在控制狀態。